ФНПР осуществляет целенаправленную и планомерную работу с законодательными органами государственной власти всех уровней, органами местного самоуправления, партиями, общественными движениями и иными субъектами политического процесса в России.
Департамент социально-трудовых отношений и социального партнёрства содействует реализации решений Федерации Независимых Профсоюзов России в области защиты социально-трудовых прав и интересов членов профсоюзов, в том числе по вопросам экономической политики, заработной платы, занятости, социального партнёрства в сфере труда (с работодателями и государством).
ФНПР регулярно организует массовые всероссийские акции, направленные в защиту прав работников и профсоюзов.
Международная деятельность ФНПР направлена на повышение авторитета российских профсоюзов на международной арене, максимально плодотворное использование опыта международного профсоюзного движения и международных трудовых норм в интересах российских трудящихся.
Главными целями организационной работы являются организационное укрепление общероссийских (межрегиональных) профсоюзов и территориальных объединений организаций профсоюзов, а также сохранение и увеличение численности членов профсоюза
Профилактика профессиональных рисков – основа сохранения здоровья работников (из Программы Общероссийского союза «Федерация Независимых Профсоюзов России» «За справедливую экономику!». Резолюция Х съезда ФНПР «Создание механизмов управления условиями и охраной труда – основа управления профессиональными рисками».
Главной целью правозащитной и правотворческой деятельности ФНПР является эффективная защита трудовых прав, свобод, законных интересов работников — членов профсоюзов и профсоюзных организаций, закрепление трудовых прав, свобод и интересов работников — членов профсоюзов в системе трудового законодательства на всех уровнях социального партнерства.
Развитие профсоюзного движения концентрируется на таких стратегических направлениях как молодежная политика, информационная работа, гендерная политика и профсоюзное образование.
Федерация Независимых Профсоюзов России последовательно отстаивает позицию о том, что только система обязательного социального страхования, опирающаяся на развитую законодательную базу и актуарно (экономически) обоснованный страховой тариф, способна решать задачу возмещения затрат на воспроизводство рабочей силы.
Единая финансовая политика Федерации независимых профсоюзов России необходима для функционирования всех профсоюзных структур, стабилизации и оздоровления финансовой системы профсоюзов.
